مجموعه کتابهای خطی فارسی در کتابخانه‌های هند در حدود صد هزار نسخه تخمین زده می‌شود و شاید این بزرگترین ذخیره‌ایست که از کتابهای خطی فارسی در جهان وجود دارد. بعضی از مهمترین کتابخانه‌هائی که در هند از حیث دارا بودن کتب خطی فارسی دارای اهمیت‌اند :
کتابخانه قادریه شهر بدایون شامل چهار هزار نسخه خطی.


  1. کتابخانه خدابخش، شهر پنتا در بین کتابخانه‌های هند مخصوصاً از نظر کیفیت کتب شرقی غنی‌ترین و مهمترین کتابخانه‌های مشرق زمین است، ۳۵ جلد فهرست کتب آن به چاپ رسیده است. (مرعشی نجفی، ۱۳۸۲، ص۵۵)
  2. کتابخانه موزه مهاراجا در شهر جیپور مجموعه نفیسی از مینیاتورها و آثار تذهیبی ایران را داراست.
  3. کتابخانه آصفیه «کتابخانه مرکزی حیدرآباد» یا مرکز مطالعات و مخطوطات شرقی نامیده می‌شود به سال ۱۳۰۰ قمری تاسیس یافته است تعداد نسخ خطی این کتابخانه ۱۶۹۶۳ عدد است.فهرست کتب خطی آن در چند جلد به چاپ رسیده است.(مرعشی نجفی،۱۳۸۲ : ۱۲۱)
  4. کتابخانه دانشگاه حیدر آباد که شامل ۳۴۱۸ نسخه خطی .




  1. کتابخانه موزه زاهد حیدرآباد دارای کتب خطی و مینیاتورهای ایرانی و هندی نفیسی است


  1. کتابخانه (دانشگاه) جامعه ملیّه اسلامیه دهلی نسخه‌های خطی آن بالغ بر ۲۰۰۰ جلد است .


  1. کتابخانه آرشیوهای ملی هندوستان در دهلی نیز مجموعه بزرگ اسناد و مدارک تاریخ هند که قسمت بزرگ آن به فارسی است.


  1. کتابخانه دانشگاه همدرد. این کتابخانه بالغ بر ۴۴۳۵ نسخه خطی به زبانهای فارسی، عربی، ترکی و اردو دارد.


  1. کتابخانه دانشگاه علیگره از معتبرترین مراکز کتب و نسخ فارسی است.در این کتابخانه جمعاً ۱۴۴۶۰ نسخه خطی اسلامی نگهداری می شود.

کتابخانه آکادمی ابن‌سینا. بیشترنسخه‌های خطی این آکادمی در زمینه پزشکی است و فهرست آنها توسط رایزنی فرهنگی ایران در دهلی به چاپ رسیده است.

  1. کتابخانه دانشگاه کلکته که مجموعاً بیش از ۳۳۰۰۰۰ عدد کتاب دارد و نسخ خطی فارسی را نیز شامل است.
  2. کتابخانه ملی کلکته که مجموعاً بیش از یک میلیون کتاب دارد و شامل دو کتابخانه بزرگ کتابخانه شاهی و کتابخانه عمومی کلکته می‌باشد
  3. کتابخانه آکادمی عبدالباری در شهر لکهنو دارای ۵۰۰۰ نسخه خطی است.
  4. کتابخانه ناصریه. دارای حدود ۴۵۰۰۰ کتاب خطی و چاپی فارسی و عربی می‌باشد.

نسخه‌های خطی در هند عموماً رو به نابودی است. از یک سو آب و هوای نامساعد و به شدت شرجی اکثر مناطق آنها را به تدریج از بین می‌برد به گونه‌ای که نه قابل استفاده‌اند و نه قابل مرمت و بازسازی و با اندک تماس دست با آنها پودر می‌شوند. از طرف دیگر سوداگران بین‌المللی به ذخایر مکتوب اسلامی هند هجوم برده و نسخه‌های نفیس هنری و کهن علمی و اسلامی را از هند خارج می‌کنند و به علت فقر فراگیر در هند شماری از نسخه‌های معروف از کتابخانه‌ها سرقت و به خارج هند منتقل شده است.