اگرچه گیتس می توانست از والدینش پول قرض بگیرد اما او این کار را نکرد، چون می خواست مایکروسافت از همان ابتدا مستقل و متکی به خود باشد. در سال 1979 آقای H.Ross Perot که در آن زمان رئیس شرکت کامپیوتری EDS بود تصمیم گرفت شرکت Apple Computer را خریداری کند. وقتی او موفق به این کار نشد به مایکروسافت رو کرد و سعی کرد که این شرکت را بخرد. او فکر می کرد پیشنهاد گیتس برای مایکروسافت رقمی بین 40 تا 60 میلیون دلار باشد، اما گیتس 6 تا 15 میلیون دلار تقاضا نمود. آلن با این کار مخالفت کرد و مانع فروش مایکروسافت شد. Perot در این باره می گوید: «به خاطر این که برای سر گرفتن این معامله تلاش بیشتری نکردم همیشه خود را سرزنش می کنم.»

بعد از قضیه ای که بین شرکت مایکروسافت و شرکت Pertec به وجود آمد این شرکت تا مدت ها با مشکل چندانی روبرو نشد. هر چه مایکروسافت بیشتر پیشرفت کرد و مطرح تر شد، گیتس نیز به همان نسبت معروف شد. اکنون دیگر همه مایکروسافت را با گیتس می شناسند.

علاوه بر گیتس و آلن از جمله افرادی که در روزهای اول مایکروسافت به همکاری با گیتس و آلن پرداختند می توان به استیو وود، باب والیس، جیم لین، باب اوریر، باب گرین برگ، مارک مکدونالد، گوردن لت وین، آندریا لویس و مارلا وود اشاره کرد.

گسترش دامنه فعالیتهای مایکروسافت

«بسیاری از افراد وقتی می شنوند که در میان اولین مشتریان مايکروسافت نام شرکتی چون IBM دیده می شود تعجب می کنند. چون در آن روزها مایکروسافت بسیار کوچک و IBM بسیار بزرگ بود. اما از آنجایی که آمریکا مهد نرم افزار است، پیشرفت های اصلی فن آوری در این کشور روی داده اند، بزرگترین بازارهای کامپیوتر در این کشور واقعند و فضای موجود در آن اجازه ی پدیدار شدن هرگونه فن آوری جدید را می دهد، لذا بعید به نظر نمی رسد که اجازه ابراز وجود به هر فعالیتی در این زمینه داده شود. به همین دلیل نیز یک جوان 25 ساله که شرکت کوچکی را تاسیس کرده بود می توانست جرات کرده و محصولات خود را برای فروش به شرکت بزرگی که شعبات متعددی داشت عرضه کند.»

در آن زمان ( سال 1980) گیتس 25 ساله بود و شرکت کوچک مایکروسافت فقط 32 کارمند داشت در حالی که IBM سلطان صنعت کامپیوتر بود و بی رقیب به حساب می آمد. یکی از مدیران اجرایی آن زمان IBM درباره بیل گیتس چنین می گوید:

«در آن زمان بیل گیتس بسیار جوان بود و کمتر از سنش نشان می داد، اما با این وجود بسیار با استعداد به نظر می رسید و کاملاً بر تجارتی که پایه گذاری کرده بود تسلط نشان می داد، او هنگام بستن اولین قرارداد هایش با IBM کاملاً به سود آور بودن این رابطه، اطمینان داشت.» وقتی از طرف IBM با گیتس تماس گرفتند و با او قرار ملاقات گذاشتند، او بسیار سریع این قرار را پذیرفت و زمانی را برای دیدار با "فرد کاسار" تعیین کرد. کسی چه می دانست که پیامد این قرار ملاقات، بیل گیتس را در سن 31 سالگی یک میلیاردر خواهد ساخت

از مایکروسافت برای این هیئت بسیار جالب بود. چون این افراد پس از ورود به مایکروسافت از مرد جوانی که سر و وضع نا مرتبی داشت خواستند تا آنها را به سوی دفتر بیل گیتس راهنمایی کند. آن مرد پس از آن که دفتر بیل گیتس را نشان داد، وارد دفتر شد و پشت میز رئیس نشست. آنها از این که رئیس مایکروسافت چنین سر و وضعی دارد بسیار تعجب کردند. بار اول که هیئت برای دیدار با بیل گیتس آمدند لباس های اسپرت پوشیده بود، اما بار دیگر بیل گیتس خودش را برای این ملاقات آماده کرده بود و لباس کاملاً رسمی به تن داشت.

تصمیم خود را برای پایه گذاری کامپیوترهای شخصی گرفته بود و به دنبال شرکت ها و افراد ثالثی بود تا از آنها برای این امر کمک بگیرد. به همین دلیل این شرکت سعی داشت از نظر مایکروسافت درباره ی ارائه یک سیستم عامل جدید برای کامپیوترهای شخصی مطلع شود و در این راستا با این شرکت تماس گرفته و ملاقات هایی بین آنها انجام شد. از آنجایی که در آن زمان مایکروسافت هنوز سیستم عامل مشخصی را برای کامپیوترهای شخصی طراحی نکرده بود، لذا IBM را به شرکت Digital Research ارجاع داد. این شرکت با مایکروسافت همکاری نزدیکی داشت، اما IBM پس از گفتگو با مجدداً به سوی مایکروسافت برگشت. پس از بازگشت مجدد IBM به سوی مایکروسافت، گیتس به یکی از برنامه نویسان شرکت Seattle Computer Products به نام "تیم پاترسون" مبلغ 50 هزار دلار داد تا یک سیستم عامل مقدماتی برای کامپیوترهای شخصی بنویسد. این سیستم عامل Q-DOS نام داشت. Q-DOS مخفف عبارت Quick and Dirty Operation System بود. گیتس سیستم عامل پاترسون را اصلاح کرده، آن را MS-DOS (Microsoft Disc Operating System) نامید و به IBM فروخت. IBM اولین کامپیوتر شخصی را به صورت یک سیستم پایه ای باز عرضه کرد تا به تکثیر و ساخت این نوع کامپیوتر سرعت بخشیده و آسان نماید. این کامپیوتر که IBM PC نام داشت و بر روی آن سیستم عامل MS-DOS اجرا می شد در سال 1981 عرضه شد. چندی نگذشت که حدود 100 شرکت جواز استفاده از MS-DOS را به دست آورده و توانستند سیستم هایی شبیه به سیستم IBM را تولید کنند. به این ترتیب MS-DOS خیلی زود به یک استاندارد صنعتی تبدیل شد. از جمله شرکت هایی که پس از IBM به سوی مایکروسافت آمدند و جواز استفاده از MS-DOS را خریداری کردند می توان به Sony، NEC، Matusushita، اشاره کرد. گیتس برای آن که به شرکت مایکروسافت شکل حرفه ای تر ببخشد در سال 1980 همکلاسی خود در هاروارد یعنی استیو بالمر را به عنوان معاون شخصی خود استخدام کرد. استیو برای آمدن به مایکروسافت مبلغ قابل توجهی را به عنوان حقوق خود تعیین نمود. همچنین در سهام این شرکت نیز شریک شد. سهام بالمر در سال 1997 چیزی بالغ بر 7 میلیارد دلار ارزش داشت.

پس از عرضه MS-DOS دیگر همه مایکروسافت را به عنوان یک شرکت نرم افزاری کامل می شناختند و این شرکت نیز پا به پای تحولات نرم افزاری دیگر، سهم به سزایی در رشد اقتصادی کشور آمریکا داشتند، به طوری که طبق گزارشات شرکت تحقیقاتی Business Software Alliance تولیدات نرم افزاری در سال 1996 حدود 6 میلیارد دلار از بودجه ی کشور آمریکا را تامین می کردند. این رقم پس از تولید موتور وسایل نقلیه، تجهیزات نظامی و وسایل الکترونیکی مقام چهارم را در صنعت آمریکا به خود اختصاص می دهد.