اولین نکته ی مثبتی که در روش درمان با لیزر وجود دارد عدم نیاز به بستری بیمار در بیمارستان است. بیمار در این روش در عرض مدت زمانی کوتاه تر از ۱ ساعت تحت معالجه قرار می گیرد و بلافاصله هم مرخص می شود و میتواند امور روزمره ی خود را آغاز نماید. در حالی که پس از انجام عمل جراحی بیمار برای مدت ۱ الی ۲ روز بستری می شود و تحت نظر است. همچنین بیمارانی که تحت عمل جراحی قرار می گرفتند به ۲ تا ۴ هفته زمان برای استراحت در منزل نیاز داشتند ولی در روش درمان با لیزر بیمار بلافاصله می تواند به منزل یا محل کار خود باز گردد. نکته ی مثبت بعدی اینکه در روش درمان با لیزر نیازی به بیهوشی عمومی بیمار نیست و فقط برای اینکه بیمار متوجه چیزی نشود تحت بی حسی موضعی قرار می گیرد. همان طور که می دانید بیهوشی عمومی برای بدن عوارض بسیار زیادی به همراه دارد.در روش درمان با لیزر هیچ گونه درد و خونریزی احساس نمی شود و با ترمیم عصب های آسیب دیده و سوزاندن مویرگ ها و عروق خونی ناحیه ی آسیب دیده ی فیستول درد و خونریزی به حداقل میزان ممکن کاهش پیدا می کند. در زمان جراحی فیستول بیمار پس از به هوش آمدن درد بسیار زیادی را در ناحیه ی عمل احساس می کند که بسیار ناخوشایند است. همچنین خونریزی تا مدت ها پس از انجام عمل جراحی همچنان ادامه دارد و بیمار باید مرتبا پانسمان خود را تعویض کند.
عفونت محل جراحی عارضه ای است که در بسیاری از موارد پس از انجام عمل جراحی برای افراد به وجود می آید در حالی که در روش درمان با لیزر امکان عفونت به هیچ وجه وجود ندارد.
یکی از شایع ترین و ناخوشایند ترین عوارضی که پس از عمل جراحی فیستول برای بیماران به وجود می آید، از دست دادن موقتی اختیار در کنترل مدفوع و گاز روده است. این پدیده تا حدودی با انجام عمل مجدد قابل معالجه است ولی در موارد زیادی هم تا پایان عمر همراه بیمار باقی می ماند که بسیار آزاردهنده است. در روش درمان با لیزر به هیچ وجه این عارضه به وجود نمی آید.
در روش درمان با لیزر اگر بیمار علاوه بر فیستول مقعدی به سایر بیماری های مقعدی از جمله بواسیر و شقاق مبتلاست، می توان تمام این بیماری ها را به طور همزمان و یکجا بدون کوچکترین احساس درد و خونریزی به وسیله ی لیزر مداوا کرد.
و همچنین هزینه ی روش درمان با لیزر در مقایسه با هزینه های عمل جراحی بسیار پایین تر است.