استفاده از بيوانفورماتيك براي تشخيص آلودگي ميگو
استفاده از بيوانفورماتيك براي تشخيص آلودگي ميگو به ويروس لكه سفيد ويروس سندرم لكه سفيد يك عامل مهم مرگ ومير ميگو پرورشي در سراسر كشورهاي جهان به شمار مي‌رود.اين ويروس ميگو و ساير سخت پوستان را آلوده مي كند .
به نوشته شماره جديد مجله علمي شيلات ايران،ويريونهاي غشاء دار اين ويروس ذرات متقارن بيضوي تا ميله‌اي شكل با قطري بين ۱۲۰ تا ۱۵۰ نانومتر و طولي درحدود ۲۷۰ تا ۲۹۰ نانومتر هستند . اين ويروس داراي حداقل پنج پروتئين ويريون اصلي است كه سه تا از آنها در نوكلئوكپسيد ميله‌اي شكل و دو تاي ديگر در غشا ويروس وجود دارد .
هيچكدام از پنج پروتئين اصلي ساختماني اين ويروس گليكوزيله نيستند كه اين يك خصوصيت غير معمول در بين ويروس‌هاي جانوري غشاء دار است .
توالي ويروس لكه سفيد با همه ويروسها متفاوت است.مطالعات فيلوژنيك نيز نشان مي‌دهند ،پروتئين‌هاي اين ويروس در ايزوله‌هاي مختلف آن بسيار نزديك به هم هستند .
درخت فيلوژنيك اين پروتئين‌ها را از اين نظر حمايت مي‌كند كه ويروس سندرم لكه سفيد يك ويروس متمايز از ساير خانواده‌هاي ويروس مي‌باشد و به هيچكدام از خانواده‌هاي شناخته شده فعلي تعلق ندارد .
مطالعات نشان داده است كه پروتئين غشايي اصلي يعني وي پي ۲۸ يك نقش كليدي در آلودگي سيستماتيك ميگو به وسيله اين ويروس دارد .
هدف از اين تحقيق اين بود كه با به كارگيري علم بيوانفورماتيك كه به معني علم كاربرد رايانه در بيولوژي است روي اين پروتئين مهم ويروسي يك آناليز دقيق ساختماني انجام شود و با استفاده از آن قسمتهاي آنتي ژن (اپي توپها)مشخص شوند .
اپي توپهاي يك پروتئين اغلب بخش‌هاي آب دوستي هستند كه در سطح پروتئين قرار گرفته‌اند كه قابليت انعطاف زيادي دارند .
نتيجه آناليز رايانه‌اي پيشگويي قسمتهاي آنتي ژنتيك پروتئين را نشان داد،پنج قسمت را به عنوان بخش‌هاي آنتي ژن پيشگويي كردند .
علاوه بر اين چهار اپي توپ پيش بيني شده طول ۶ اسيد آمينه و توالي ديگر به طول ۸ اسيد آمينه بود .
در هر پروتئين قسمت‌هايي به نام اپي توپ وجود دارند كه نشان‌دهنده خصوصيات آنتي ژنيك آن پروتئين هستند.با انجام تستهاي دقيق مي‌توان اين اپي توپ را مشخص نمود و از آنها براي شناسايي يك ويروس در ميزبان استفاده كرد .
راه ديگري كه براي شناسايي اين قسمت‌ها وجود دارد استفاده از برنامه كامپيوتري است .توسط اين برنامه‌ها كه خصوصيات گوناگون پروتئين‌ها را مورد آناليز قرار مي‌دهند مي‌توان اين اپي توپها را پيشگويي كرد .
توالي‌هاي پروتئين وي پي ۲۸ در چند ايزوله ويروس سندرم لكه سفيد ميگو از بانك‌هاي اطلاعاتي استخراج و پس از مرتب كردن آنها ،توالي مورد توافق آنها تعيين شد .
پروتئين وي پي ۲۸ در سطح ويروس قرار دارد و داراي بخشي درانتهاي آمينو است كه مي‌تواند يك قسمت ميان غشايي باشد .
اين پروتئين يك نقش بسيار مهم را در آغاز آلودگي سيستماتيك در ميگو به وسيله ويروس لكه سفيد ايفا مي‌كند زيرا اساسا گيرنده‌هاي سلولي توسط اين پروتئين تشخيص داده مي‌شوند .
اين مقاله نوشته "حسن محبت كار" از دانشكده علوم دانشگاه شيراز است كه در شماره جديد مجله علمي شيلات ايران به چاپ رسيده است .
