انواع pcr

[ژن]

با ایجاد تغییراتی در تکنیک PCR، زمینه های کاربرد وسیعی ایجاد شده است.بعضی از انواع PCR بطور خلاصه بشرح زیر است:Allele-specific PCR (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Allele-specific_PCR&action=edit&redlink=1)

بمنظوربررسی تغییرفقط دریک نوکلئوتید (single-nucleotidepolymorphisms (http://en.wikipedia.org/wiki/Single-nucleotide_polymorphism)) در تشخیصبیماریها و کلونینگ DNA بکار میرود.
Assembly PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Polymerase_cycling_assembly)
یک روش آزمایشگاهی برای سنتزمولکولهای DNAی بزرگ است. بدین منظور ازالیگونوکلئوتیدهایی استفاده میشود که همپوشانی دارند.
Asymmetric PCR (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Asymmetric_PCR&action=edit&redlink=1)در اینروش فقط یکی از دو رشته DNA تکثیر میشود. پلی نوکلئوتیدهای حاصل بمنظورتعیین توالی یا تولید شاخص های دو رگه مورد استفاده قرار میگیرند.
Helicase-dependentamplification (http://en.wikipedia.org/wiki/Helicase-dependent_amplification)
در اینتکنیک برای جدا کردن دو رشته DNA، بجای حرارت ازآنزیم هلیکاز (DNA Helicase (http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_Helicase)) استفاده میشود.

Hot-start PCR (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Hot-start_PCR&action=edit&redlink=1)برایجلوگیری از تکثیر DNAهای ناخواسته مخصوصا در مراحل اولیه PCR استفاده میشود. بدین منظور قبل از افزودنپلیمراز، دمای محلول به نقطه ذوب (مثلا 95 درجه) رسانده میشود.
Intersequence (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Intersequence-specific_PCR&action=edit&redlink=1)-specific (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Intersequence-specific_PCR&action=edit&redlink=1)PCR (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Intersequence-specific_PCR&action=edit&redlink=1)

برایانگشت نگاری DNA از طریق تکثیر مناطق بین سکانسهای تکراری بکار میرود.
Inverse PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Inverse_polymerase_chain_reaction)کاربرد این تکنیک زمانی است که فقط یک سکانس داخلی شناساییشده است.
Ligation-mediated PCR (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Ligation-mediated_PCR&action=edit&redlink=1)
در این روش از DNAهای رابط کوچک (smallDNA linkers) که به DNAی موردنظر متصل شده اند، استفاده میشود. کاربرد این روش در تعیین توالی DNA (DNA sequencing (http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_sequencing))، genome walking (http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_walking) و DNA (http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_footprinting)footprinting (http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_footprinting) است.
Methylation-specific PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Methylation-specific_PCR)
این تکنیک توسط StephenBaylin وJim Herman در دانشکده پزشکی دانشگاه جان هاپکینز ابداعشده است و بمنظور بررسی متیلاسیون در قطعات CpGدر DNAی ژنومیکبکار میرود.

Multiplex PCRدر این روش با استفاده از یک جفت پرایمر، میتوان چند نوع DNAی مختلفرا تکثیر کرد.
در اینتکنیک از چند پرایمر در یک محلول PCR استفاده میشود و آمپلیکونهایی (amplicons (http://en.wikipedia.org/wiki/Amplicon)) تهیه میشود که اندازه های متفاوتی دارند ومختص DNAهای مختلفی هستند. با هدف قرار دادن چندین ژن در یک محلول PCR، میتوان باآزمایشات کمتر و زمان کوتاهتر، اطلاعات بیشتری جمع آوری کرد.

NestedPCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Nested_PCR)

این روش از تکثیر DNAی ناخواسته جلوگیری شده اثرات زمینه ای کم میشود. بدینترتیب در فرآیند تکثیر DNAی هدف، اختصاصی بودن (specificity) افزایش می یابد.


Quantitative PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Q-PCR)
این تکنیک برای بررسی وجود DNA، cDNA یا RNA و همچنین تعیین غلظت آنها یکار میرود. یکی از شاخه های مهم اینتکنیک Quantitative real-time PCR است که از نظر صحت (accuracy) در بالاترین سطح قرار دارد و در آزمایشگاه های تشخیص بالینیکاربرد وسیعی یافته است. در روش Q-PCR برای تعیین غلظت DNA از رنگهای فلورسانس (نظیر SybrGreen) یا شاخصهای DNAیفلورسانس (نظیر TaqMan (http://en.wikipedia.org/wiki/TaqMan))استفاده میشود.

RT-PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/RT-PCR)

این نوع از PCR بمنظور شناسایی، استخراج یا تکثیر RNA از نمونه های سلول یا بافت مورد استفادهقرار میگیرد. در این تکنیک از ترانس کریپتاز معکوس (reverse transcriptase (http://en.wikipedia.org/wiki/Reverse_transcriptase)) برای تبدیل RNA به cDNA استفاده میشود.



TAIL-PCR

برای جداسازی سکانس های ناشناخته ای بکار میرود که متصل بهیک سکانس شناخته شده اند.

Touchdown PCR (http://en.wikipedia.org/wiki/Touchdown_PCR)

یک نوع تغییر یافته از PCR است که موجب کاهش اثرات زمینه ای و غیراختصاصی میشود. در این روش برنامه PCR به گونه ای طراحی میگردد که در طی سیکل های متوالی، بتدریج دمایمرحله اتصال (Annealing step (http://en.wikipedia.org/wiki/Annealing_(biology))) کاهش می یابد. بدین ترتیب که در سیکل های ابتدائی، دما در حدود 3الی 5 درجه بالاتر از Tm پرایمر و در سیکلهای انتهایی در حدود 3 تا 5 درجه پائینتر از Tm پرایمر تنظیم میشود.


PAN-AC (http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=PAN-AC&action=edit&redlink=1)

در اینتکنیک، سلولهای زنده مورد مطالعه قرار میگیرند. به همین دلیل تکثیر DNA در دمای ثابت انجام میشود.