ایجاد اولین پایگاه اطلاعاتی قطعات پپتیدی در ایران توسط استاد دانشگاه تربیت مدرس (نرم افزار LinDA)

[sevda_sj]

استفاده از قطعات پپتیدی کاربردهای وسیعی در زیست شناسی نوین دارد. در طراحی پروتئین های نوترکیب، ترکیب دمین های پروتئینی از طریق توالی های اتصال دهنده الیگوپپتیدی صورت می گیرد. قطعات پپتیدی همچنین به عنوان پپتیدهای دارویی نیز برای درمان برخی بیماری ها کاربرد دارند. علاوه بر موارد ذکر شده قطعات پپتیدی کاربردهای بسیاری در طراحی پروتئین نیز ایفا می کنند.

به گزارش پژوهشکده مجازی بیوتکنولوژی پزشکی دکتر شهریار عرب عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس طراح و مجری این پایگاه ضمن بیان کاربرد این نرم افزار در طراحی پپتید، طراحی لینکر و مهندسی پروتئین گفت: به منظور تسهیل در فرایند انتخاب قطعات پپتیدی، پایگاه داده و نرم افزاری تحت وب با عنوان لیندا طراحی شده است. این نرم افزار توانایی جستجو در پایگاه داده حاوی بیش از 120 میلیون قطعه پپتیدی استخراج شده از حدود ۱۴۰۰۰ ساختار پروتئینی گرفته­شده از بانک داده پروتئین­ها (PDB) را دارد. ورودی این برنامه شامل طول توالی و همچنین فاصله­ی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی است. لیندا می­تواند با در نظر گرفتن ورودی­های دیگر از قبیل محتوای اسیدآمینه­ای، ساختار دوم، قطبیت و دسترس­پذیری به حلال به صورت اختیاری، قطعات پپتیدی مناسب ­تری را پیشنهاد دهد.
خروجی این نرم­افزار لیستی از قطعات پپتیدی شامل اطلاعاتی از قبیل فایل pdb قطعه پپتیدی، محتوای اسید آمینه­ای،الگو قطبیت،الگوی دسترس­پذیری به حلال، فاصله­ی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی توالی، الگوی ساختار دوم و همچنین کد و لینک pdb ساختار پروتئینی که قطعه پپتیدی از آن استخراج شده­ است.


این نرم افزار بصورت رایگان در آدرس آزمایشگاه بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس http://bioinf.modares.ac.ir/software/linda در دسترس می باشد.





منبع : Vimb