ایجاد اولین پایگاه اطلاعاتی قطعات پپتیدی در ایران توسط استاد دانشگاه تربیت مدرس (نرم افزار LinDA)
http://www.vimb.ir/content/news/1203/1203l.jpg
استفاده از قطعات پپتیدی کاربردهای وسیعی در زیست شناسی نوین دارد. در طراحی پروتئین های نوترکیب، ترکیب دمین های پروتئینی از طریق توالی های اتصال دهنده الیگوپپتیدی صورت می گیرد. قطعات پپتیدی همچنین به عنوان پپتیدهای دارویی نیز برای درمان برخی بیماری ها کاربرد دارند. علاوه بر موارد ذکر شده قطعات پپتیدی کاربردهای بسیاری در طراحی پروتئین نیز ایفا می کنند.
به گزارش پژوهشکده مجازی بیوتکنولوژی پزشکی دکتر شهریار عرب عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس طراح و مجری این پایگاه ضمن بیان کاربرد این نرم افزار در طراحی پپتید، طراحی لینکر و مهندسی پروتئین گفت: به منظور تسهیل در فرایند انتخاب قطعات پپتیدی، پایگاه داده و نرم افزاری تحت وب با عنوان لیندا طراحی شده است. این نرم افزار توانایی جستجو در پایگاه داده حاوی بیش از 120 میلیون قطعه پپتیدی استخراج شده از حدود ۱۴۰۰۰ ساختار پروتئینی گرفتهشده از بانک داده پروتئینها (PDB) را دارد. ورودی این برنامه شامل طول توالی و همچنین فاصلهی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی است. لیندا میتواند با در نظر گرفتن ورودیهای دیگر از قبیل محتوای اسیدآمینهای، ساختار دوم، قطبیت و دسترسپذیری به حلال به صورت اختیاری، قطعات پپتیدی مناسب تری را پیشنهاد دهد.
خروجی این نرمافزار لیستی از قطعات پپتیدی شامل اطلاعاتی از قبیل فایل pdb قطعه پپتیدی، محتوای اسید آمینهای،الگو قطبیت،الگوی دسترسپذیری به حلال، فاصلهی بین انتهای آمینی و انتهای کربوکسیلی توالی، الگوی ساختار دوم و همچنین کد و لینک pdb ساختار پروتئینی که قطعه پپتیدی از آن استخراج شده است.
این نرم افزار بصورت رایگان در آدرس آزمایشگاه بیوانفورماتیک دانشگاه تربیت مدرس http://bioinf.modares.ac.ir/software/linda در دسترس می باشد.
منبع : Vimb
