artadokht
22nd September 2011, 09:21 AM
گروهی از دانشمندان آمریکایی الگوریتم جدیدی را ارائه کردند که می تواند با نقشه برداری از dna هزاران گونه باکتری به دنبال ماده تاریک حیات سلولی بگردد.
به گزارش خبرگزاری مهر، محققان دانشگاه کالیفرنیا در ساندیگو و موسسه کرگ ونتر (مرکز تحقیقاتی که کرگ ونتر، پدر اولین حیات مصنوعی بنیاد گذاشته است) در حال کار بر روی توالی نویسی ژنوم هزاران گونه از باکتریهای تاکنون ناشناخته هستند.
این پروژه که با بودجه موسسه ملی بهداشت آمریکا انجام می شود، برای اولین بار توالی نویسی dna استخراج شده از یک سلول واحد یک باکتری را اجازه می دهد.
تاکنون برای به دست آوردن نقشه برداری از dna یک میکروارگانیسم، کشت لابراتواری میلیاردها سلول همسان ضروری بود. باوجود این، در حدود 99.9 درصد از میکروارگانیسمها را نمی توان در آزمایشگاه کشت داد چراکه در شرایط و محیطهای تولیدمثل سخت و بسیار ویژه (برای مثال در همزیستی با سایر باکتریها و یا بر روی پوست حیوانات) زندگی می کنند.
این اشکال حیات شامل میکروارگانیسمهایی هستند که می توانند منابع متحمل برای تولید داروهای آینده، سوختهای زیستی و باکتریهایی باشند که در بدن انسان زندگی می کنند.
این کار درهایی را به سوی مطالعه بر روی هزاران شکل حیات که تاکنون در سطح ژنومیک کاملاً دست نیافتنی بودند می گشاید و به نوعی به پژوهشگران اجازه می دهد که ماده تاریک حیات را شناسایی کنند.
دانشمندان مشاهده کردند که این باکتریها نقشی حیاتی برای سلامت انسان ایفا می کنند. این میکروارگانیسمها در حدود 10 درصد از وزن بدن انسان را می سازند و در معده، دهان و در روده زندگی می کنند. بعضی از آنها می توانند بسیار مخرب باشند و بعضی دیگر به هضم غذا کمک می کنند.
شناخت اسرار ژنومیک این میکروارگانیسمها به طراحی ارگانیسمهای جدیدی که بتوانند عملکردهای تخصصی شده ای را انجام دهند کمک خواهد کرد.
برای تجزیه dna این محققان از الگوریتم جدیدی بهره گرفتند. این الگوریتم می تواند میزان اثربخشی فناوری توالی نویسی dna را که "تقویت جابجایی چندگانه" (mda) نام دارد و 10 سال قبل در موسسه کرگ ونتر توسعه یافت افزایش دهد.
براساس گزارش نیچر بیوتکنولوژی، mda سیستمی است که همانند یک دستگاه فتوکپی از اجزای ژنوم یک سلول واحد کپی می گیرد تا بتواند در حدود یک میلیارد سلول تولید کند.
تاکنون این تکنیک از نرم افزار ضعیفی استفاده می کرد و تنها می توانست از بعضی از اجزای dna آنهم تنها هزار مرتبه کپی بگیرد. درحالی که این الگوریتم جدید که بر روی باکتری "ای. کولی" و بعضی از باکتریهای دریایی آزمایش شده است توانست از 90 درصد از ژنهای یک سلول واحد کپی برداری کند.
"خبرگزاری مهر"
به گزارش خبرگزاری مهر، محققان دانشگاه کالیفرنیا در ساندیگو و موسسه کرگ ونتر (مرکز تحقیقاتی که کرگ ونتر، پدر اولین حیات مصنوعی بنیاد گذاشته است) در حال کار بر روی توالی نویسی ژنوم هزاران گونه از باکتریهای تاکنون ناشناخته هستند.
این پروژه که با بودجه موسسه ملی بهداشت آمریکا انجام می شود، برای اولین بار توالی نویسی dna استخراج شده از یک سلول واحد یک باکتری را اجازه می دهد.
تاکنون برای به دست آوردن نقشه برداری از dna یک میکروارگانیسم، کشت لابراتواری میلیاردها سلول همسان ضروری بود. باوجود این، در حدود 99.9 درصد از میکروارگانیسمها را نمی توان در آزمایشگاه کشت داد چراکه در شرایط و محیطهای تولیدمثل سخت و بسیار ویژه (برای مثال در همزیستی با سایر باکتریها و یا بر روی پوست حیوانات) زندگی می کنند.
این اشکال حیات شامل میکروارگانیسمهایی هستند که می توانند منابع متحمل برای تولید داروهای آینده، سوختهای زیستی و باکتریهایی باشند که در بدن انسان زندگی می کنند.
این کار درهایی را به سوی مطالعه بر روی هزاران شکل حیات که تاکنون در سطح ژنومیک کاملاً دست نیافتنی بودند می گشاید و به نوعی به پژوهشگران اجازه می دهد که ماده تاریک حیات را شناسایی کنند.
دانشمندان مشاهده کردند که این باکتریها نقشی حیاتی برای سلامت انسان ایفا می کنند. این میکروارگانیسمها در حدود 10 درصد از وزن بدن انسان را می سازند و در معده، دهان و در روده زندگی می کنند. بعضی از آنها می توانند بسیار مخرب باشند و بعضی دیگر به هضم غذا کمک می کنند.
شناخت اسرار ژنومیک این میکروارگانیسمها به طراحی ارگانیسمهای جدیدی که بتوانند عملکردهای تخصصی شده ای را انجام دهند کمک خواهد کرد.
برای تجزیه dna این محققان از الگوریتم جدیدی بهره گرفتند. این الگوریتم می تواند میزان اثربخشی فناوری توالی نویسی dna را که "تقویت جابجایی چندگانه" (mda) نام دارد و 10 سال قبل در موسسه کرگ ونتر توسعه یافت افزایش دهد.
براساس گزارش نیچر بیوتکنولوژی، mda سیستمی است که همانند یک دستگاه فتوکپی از اجزای ژنوم یک سلول واحد کپی می گیرد تا بتواند در حدود یک میلیارد سلول تولید کند.
تاکنون این تکنیک از نرم افزار ضعیفی استفاده می کرد و تنها می توانست از بعضی از اجزای dna آنهم تنها هزار مرتبه کپی بگیرد. درحالی که این الگوریتم جدید که بر روی باکتری "ای. کولی" و بعضی از باکتریهای دریایی آزمایش شده است توانست از 90 درصد از ژنهای یک سلول واحد کپی برداری کند.
"خبرگزاری مهر"